Storsthlms kansli är organiserat i fem enheter:
Ledning och ekonomi
Ledningsfunktionen för Storsthlm. Här finns även medarbetare som ansvarar för ekonomifrågor och HR-administration samt IT. Förbundsdirektör: Johan von Sydow.
Kommunikation och ledningsstöd
Enheten består av kommunikatörer och förbundssekreterare. Kommunikationschef: Helen Ala-Kojola.
Gymnasieantagningen
Enheten består av handläggare som arbetar med antagningsverksamhet för länets gemensamma gymnasieregion. Verksamhetschef: Anna Weinsjö.
Regional utveckling
Enheten består av medarbetare som driver utveckling och arbetar med strategisk samverkan inom gemensam gymnasieregion, infrastruktur och digitalisering. Verksamhetschef: Magnus Björkström.
Vård- och socialtjänstutveckling
Enheten består av medarbetare som driver utveckling och arbetar med strategisk samverkan inom god och nära vård och omsorg. Verksamhetschef: Peter Vesterholm.
Verksamhetschef vård- och socialtjänstutveckling